前作『ロックマン8』において、『ロックマン7』から急ピッチでプレイステーションやセガサターンにハードを乗り換えてしまった事に対する、「SFCユーザーへのお詫び」として製作された作品。新作として発売されたSFC専用ソフト最終作（ニンテンドウパワー書き換えソフトは除く）でもある。
ロックマンかフォルテどちらでプレイするか最初に決めれる。途中で変更は不可。
ステージは、オープニングステージ、8つの選択ステージ、クリスタルゲートステージ、キングステージ（3ステージ）の計13ステージから構成される。最初に選択できるボスキャラクターは3体のみで、ボスを倒す毎に選択可能なステージが増える、クリスタルゲートで8つの特殊武器を使い、8つのクリスタルをすべて破壊する事でキングステージへ進めるようになる、といった様に特殊な構成となっている。シリーズ恒例のボスラッシュも、転送カプセルの先にいるボスと戦っていくという『2』以降の形式ではなく、ステージ道中にボスが配置されているという第1作の形式に戻っている。また、キングステージ1?3では、途中でセーブしても再開時はキングステージ1からとなる。
グラフィックは『8』に準じているが、声やアニメーションはない。新要素として、フォルテのプレイヤーキャラクター化、ショックガード等の新パーツの登場、各ステージにあるCDを集めると歴代シリーズに登場したキャラクターの詳細が見られる「データベース」、等が追加された。
「いまさらSFCで出すんだから」という理由から[1]、難易度はシリーズ中でもかなり高く調整されており、全体的に敵の攻撃力が高い、特殊武器の消費エネルギーが大きいなどの特徴がある。パーツ開発で基本性能を高めることで、あるていど難易度の調整は可能。
ボスキャラクターのデザインは『8』から再登場の2体を除き、講談社「コミックボンボン」誌上でロックマンシリーズのコミック作品を手がけた出月こーじ、岩本佳浩、有賀ヒトシが担当した。またスーパーファミコン版のパッケージには有賀の描き下ろしたイラストが使用された。
ロックマンとの戦いに敗れ、そのまま行方不明となっていたワイリーは、またも野望成就のための再起を狙い、拠点となる新たな城を建設していた。だがその城を、謎のロボット・キングが占領。彼もワイリーと同じく世界征服を企む存在であり、博物館からロボットのデータを盗み出し、自らの軍隊を編成。新たなる敵に立ち向かうため、ロックマンと、そのライバルのフォルテは一時休戦し、その調査に乗り出した。
DRN.001 ロックマン(Rockman)
チャージショットが使え、スライディングが可能で、サポートキャラが多い。
SWN.001 フォルテ(Forte)
ダッシュに加え、二段ジャンプができるのでアクション面では優位。ショットはオート連射で上下に撃つことも可能だが、チャージができず移動撃ちも不可。
DRN.002 ロール(Roll)
パーツアイテムのトランシーバでアドバイスしてくれる。話す内容はロックマンでもフォルテでも同じ。
DRN.000 ブルース(Blues)
ライト博士(Dr. Right)
ライトット(Rightot)
キング(King)
突如現れた黄金のロボット。ロボットだけの世界を作ろうと企み、博物館や研究所から盗み出したロボットのデータを利用して軍団を結成。Dr.ワイリーの城を占拠した。ロボットの王としての誇りを持ち、たとえ敵であっても、同じロボットが壊れるところは見たがらない。チェスをやらせれば勝てる人物はいないほどの腕前の持ち主。対戦相手がいなくて困っていると言う。長柄の斧を主力武器としており、あらゆる攻撃を吸収し、エネルギー波として跳ね返す盾も装備している。
製作者はDr.ワイリーであり、フォルテでシナリオをクリアすると、Dr.ワイリーの口から「フォルテより強いロボット」を目指してキングを製作したという経緯が語られる。しかし、フォルテがキングを倒したことで、フォルテが最強だとわかったらしい。ちなみに、ワイリーはキング2世を製作し、フォルテとのコンビを組ませようとしていたが、ブルースによって設計図を破壊される。出月こーじによるコミカライズ版でもDr.ワイリーが作ったロボットだが、こちらでは資金不足から開発を途中で凍結して、忘れ去ってしまっていた。その後、作りかけで放置された悲しみから、自力で自分を完成させて、反乱を起したと設定されている。
プレシン スタン ガッツ ジャー ひのえま トーイ プールバ ジメチル ウイット ブチュ ディス ハピパラ ていてつ コチニー ハトムギ トライク 紅葉雪 スカラ はちのへ ストラ 熱帯雨林 ストーン テンス もみじが NETリブ 恋待月 サーチ 桜坂 チシェリー トートナビ フェノール ツルコ のへじ トレラ ルーセン つるみ デジカルビ ディパー オーナラ すぎごけ デルフ マニフェ デリン ようとう スエヒ レソト スイング リベート ハッピー ミリグラム
Dr.ワイリー(Dr. Wily)
ゲームでは黒幕、漫画版では最後まで協力者と立場が変わっている。